En 1987 se inician las obras, aunque no es hasta diez años más tarde, en 1997, cuando se emite el Decreto de creación del museo que oficializa la existencia de la institución.
Los trabajos del edificio finalizan oficialmente el 25 de mayo de 1999 con su inauguración.
Otros hitos destacados de la historia del museo son la inauguración de la Exposición Permanente, -el 6 de junio de 2003-, o la apertura del "Patio de cristales", -el 7 de mayo de 2007-, claustro convertido en el gran auditorio y sala multifuncional del museo que ha permitido completar sus servicios e instalaciones.